Eine Baugenehmigung ist eine behördliche Erlaubnis (Verwaltungsakt) zur Errichtung, Änderung, Nutzungsänderung oder zum Abbruch einer baulichen Anlage.

Bauliche Anlagen sind laut den Landesbauordnungen der Länder alle nicht nur für einen vorübergehend Zeitraum mit dem Erdboden verbundenen oder auf ihm ruhenden Anlagen.

Die Baugenehmigung ist zeitlich befristet und gebührenpflichtig. Grundsätzlich ist jede bauliche Anlage genehmigungspflichtig. Ohne die Erteilung einer Baugenehmigung darf mit den Baumaßnahmen nicht begonnen werden. In einigen Bundesländern ist für bestimmte Baumaßnahmen eine Bauanzeige ausreichend.

Um eine Baugenehmigung zu erhalten, muss zunächst der Bauantrag mit den Bauvorlagen, insbesondere den Bauplänen, bei der unteren Bauaufsichtsbehörde / dem Bauamt (Landkreis oder Gemeinde) eingereicht werden.

Der Bürger hat einen Anspruch auf Erteilung der Baugenehmigung, wenn dem Bauvorhaben keine öffentlich-rechtlichen Vorschriften entgegenstehen. Zu diesen Vorschriften gehören insbesondere das Bauplanungsrecht (Baugesetzbuch, Bebauungsplan) und das Bauordnungsrecht (Landesbauordnung), aber auch andere Fachgesetze können relevant sein (z. B. Naturschutzrecht, Straßenbaurecht).

Die Baugenehmigung darf die Behörde nur im Einvernehmen mit der Gemeinde, in der gebaut werden soll, erteilen. Allerdings darf die Gemeinde ihr Einvernehmen nur in wenigen Fällen verweigern. Auch eine Beteiligung von Fachbehörden (z. B. Naturschutzbehörde, Umweltamt) kann nötig sein.

Wird ein Bauvorhaben ohne wirksame Baugenehmigung begonnen, liegt also ein so genannter Schwarzbau vor. Die Bauaufsichtsbehörde kann dann Bauordnungsverfügungen erlassen, insbesondere die Einstellung verlangen. Zum Abbruch berechtigt ist die Behörde aber nur dann, wenn das Bauvorhaben unter Berücksichtigung der entsprechenden Vorschriften nicht genehmigungsfähig ist.

Baugenehmigungen können auch unter Auflagen und Bedingungen erteilt werden. Die Baugenehmigungsbehörde darf einen Bauantrag nicht ablehnen, wenn sich der Versagungsgrund durch eine Auflage oder Bedingung beseitigen ließe. Eine Auflage ist grundsätzlich ein selbständiger Verwaltungsakt der Baubehörde, so dass die Auflage unabhängig von der Baugenehmigung angefochten werden kann. Will die Behörde sicherstellen, dass ein Bauvorhaben nur unter gewissen Umständen ausgeführt wird, muss sie der Baugenehmigung eine Bedingung beifügen.

Mit Erteilung der Baugenehmigung stellt die Behörde fest, dass dem Bauvorhaben keine öffentlich-rechtlichen Vorschriften entgegenstehen. Des Weiteren gestattet sie dem Bauherrn die Errichtung des Bauwerks.

Die Genehmigung gilt auch für den Rechtsnachfolger des Bauherrn. Allerdings ist die Baugenehmigung zeitlich begrenzt. Die Begrenzung richtet sich nach den Landesrechtlichen Vorschriften in den jeweiligen Landesbauordnungen. In den meisten Bundesländern sind es drei Jahre. Die Frist kann aber verlängert werden.

Durch die Erhebung einer Nachbarklage wird die Frist unterbrochen, da der Bauherr sonst Gefahr liefe, vor Ablauf der Frist überhaupt nicht mit dem Bau beginnen zu können.